不同次氯酸發生器的工作原理不同。它通常采用獨特的二次電解技術，用飽和鹽水電解生產次氯酸溶液。該方法生產的次氯酸溶液可分解、無毒、無殘留、無腐蝕設備，廣泛應用于食品、啤酒、水產養殖、水處理等領域。

次氯酸發生器的滅菌殺毒原理大致如下：

次氯酸發生器的主要作用是通過其水解形成次氯酸，然后進一步分解形成新的生態氧[O]。新生態氧的強氧化使細菌和病毒上的蛋白質變性，次氯酸發生器致死于病原微生物。事實上，氯消毒的原理主要是產生次氯酸，然后釋放新的生態氧[O]。

分析次氯酸發生器的工作原理

根據化學測定，PPM級濃度的次氯酸發生器在水中幾乎完全水解成次氯酸，.99%。其可用化學方程表示如下：

Naclo+H2O=HClo+NaoH

HClo→HCl+[O]

其次，次氯酸在殺菌病毒的過程中，次氯酸發生器不僅可以作用于細胞壁和病毒外殼，還可以滲透到細菌（病毒）體內，與細菌（病毒）體蛋白、核酸、酶等有機聚合物發生氧化反應。次氯酸發生器可以殺死病原微生物。

R-NH-R+HClo→R2NCl+H2O

與此同時，次氯酸產生的氯離子也能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，次氯酸發生器亡。

此外，次氯酸發生器還能分解蔬菜、水果等農副產品中殘留的微量農藥。大多數殺蟲劑都是由有機物組成的。二氯酸發生器釋放的新態氧可以氧化和分解這些物質。次氯酸發生器無疑在促進現代農業和果蔬包裝業的發展中發揮著重要作用。

值得肯定的是，由于次氯酸發生器產生的消毒劑不會像氯、二氧化氯等消毒劑那樣在水中產生游離氯，因此由于游離氯的存在，通常很難形成對人體健康有害的致癌物；與臭氧不同，只要空氣中的含量很低（0.001mg/m3），就會對生命造成傷害和毒性；此外，次氯酸發生器不會對金屬管道造成嚴重腐蝕，因為氯與水的反應會形成鹽酸。