在消毒機理方面有大量的研究表明次氯酸可通過破壞微生物的電子傳遞鏈及各種代謝中的關(guān)鍵酶等對微生物的代謝造成嚴重的影響，這在次氯酸殺滅微生物的過程中起著非常重要的作用。據(jù)2017年版《消毒技術(shù)規(guī)范》，在評價消毒效果時，細菌繁殖體的代表菌株為金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、綠膿桿菌和白色葡萄球菌。試驗證明，次氯酸對這四種菌有良好的殺滅效果。此外，次氯酸對結(jié)核分枝桿菌的代表菌種龜分枝桿菌膿腫亞種、細菌芽孢的代表株枯草桿菌黑色變種芽孢也有較好的殺滅效果。

次氯酸對真菌也有著一定的殺滅作用。KimH等學者進行了有關(guān)次氯酸對多種真菌殺滅效果的試驗，試驗選用煙曲霉、稻根霉菌、白色念珠菌，室溫下使用3.5mg/L 次氯酸（電解產(chǎn)生，pH接近7）處理各真菌菌液（菌液濃度在1 × 106cfu /ml左右）30s，結(jié)果顯示次氯酸對白色念珠菌以外的真菌都有很好的殺滅作用。

但有日本學者GomiK等的試驗證明了次氯酸對白色念珠菌也有良好的殺滅作用，該試驗選用10mg/L次氯酸（有隔膜電解，pH= 6.0）按1:4~5:4的比例與菌液混合，室溫下處理含1 × 107 cfu /ml的白色念珠菌菌液30s，結(jié)果顯示次氯酸對白色念珠菌有良好的殺菌效果。

這種試驗結(jié)果的差異可能與次氯酸的產(chǎn)生方式、濃度和pH 值的不同有關(guān)。有關(guān)次氯酸對真菌的作用效果及其作用機制有很大的研究空間，需要進一步的探究。

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